Chór organowy nie jest wyodrębniony, lecz stanowi centralną część I piętra balkonów. Poprzednie organy, 17-głosowe, zostały sprzedane przez Urząd Likwidacyjny jako właściciela dóbr poniemieckich.
Montaż nowych organów był pierwszą poważną inwestycja w kościele. Prace nad ich montażem było rozłożone na kilka etapów i trwały od 19. sierpnia 1977 r. do 4. marca 1979 r. Są to organy wykonane na bazie uprzednio zdemontowanych przy rozbiórce kościoła protestanckiego na Ziemiach Zachodnich. Zostały one zakupione prze firmę organowo-mistrzowską mgr Norberta Kuźnika z Warszawy, następnie odsprzedane parafii pw. św. Stanisława Kostki w Śmiglu i uzupełnione piszczałkami metalowymi. Organy posiadają dwa manuały i 19 głosów.
Odbioru z ramienia Kurii Metropolitarne w Poznaniu dokonał ks. mgr Kazimierz Szachowicz. Uroczystego poświęcenia w dniu 4. marca 1979 r. dokonał ks. biskup Marian Przykucki, wikariusz kapitulny. Po południu tego dnia odbył się uroczysty koncert organowy w wykonaniu znanego muzyka organowego prof. Feliksa Rączkowskiego.
Gruntownej konserwacji i ponownego strojenia organów dokonał w kwietniu 1987 r. Andrzej Błaszak, organmistrz i organista z Mosiny.